《沉默》讲述的是发生在幕府时代，因害怕欧洲文化侵蚀日本，实行严格的闭关锁国政策和禁教令，信仰天主教是莫大的罪过，轻者驱逐重者处死，两位年轻的葡萄牙天主教传教士，偷渡前往日本传教，同时调查他们的导师费雷拉神父因「穴吊」酷刑而宣布弃教一事，在传教与寻访的过程中被捕，又经受对其信仰的考验，也使得他们对基督的信仰更深更现实的思考，彷佛也走过一趟导师的心路历程。

    

影片开头，年轻的罗德里格斯神父和弗兰西斯科神父希望能把天主教传遍世界每个角落，渴望像他们的导师费雷拉神父一样到日本传教，在得知自己的导师费雷拉神父因「穴吊」而弃教，这让他们无法理解和困惑，不顾教区的劝阻，毅然前往日本传教并调查此事，成为了日本最后两位传教士。

    

在前往日本传教之前，他们在澳门遇到了一位因信仰遭到驱逐而弃教的日本人吉次郎，同他一起来到了日本长崎附近的小山村，却发现这里藏匿着许多天主教徒，看到他们满怀对主的信赖，哪怕条件再艰苦，也不愿放弃自己的信仰，罗德里格斯神父和弗兰西斯科神父便留在这里开始秘密传教，可由于吉次郎的软弱而出卖了罗德里格斯神父使他遭到逮捕，影片中吉次郎带着口渴的罗德里格斯神父在山涧里喝水，在水中罗德里格斯神父看到了耶稣受难的影像，似乎预示着他即将同耶稣一样，被门徒出卖被捕。

    

被捕后，奉行官企图劝说罗德里格斯神父弃教，罗德里格斯神父自从来到日本，信仰与反叛、圣洁与背德、强权与卑微、受难与恐惧、坚贞与隐忍、挣扎与超脱......所有的两难境地他都面临了，更可怕的是，他所有的祈祷和呼求都得不到天主的回应，彷佛他所做的一切并没有任何效果，天主面对教徒所受的痛苦，对面人间发生的灾难，为何沉默无动于衷，既不会出现拯救他的教徒，也不会让他们死的快一些好减轻痛苦，你甚至会怀疑他们宁愿舍弃自己的性命所追求的信仰是否真的有价值？原来影片名为《沉默》，指的是上帝的沉默。

    

影片中弗兰西斯科神父出现的镜头不多，他被捕后，由于他坚持自己的信仰不愿弃教的缘故，奉行官命令将四名基督徒用草席捆绑后淹死，弗兰西斯科神父为救这些弟兄姐妹而殉道，他是一个尽责的传教士，他用实际行动执行了他主人的命令：好牧人为羊舍命.....

    

罗德里格斯神父终于见到了导师费雷拉神父，而费雷拉神父已经弃教，穿着日本的和服，已在日本娶妻，生子，并改名泽野忠庵，他告诉罗德里格斯神父，日本是个绝望的沼泽，这里长不出东西，天主教的种子不可能在这里发芽扎根，日本人无法构想出天主教的理念，因为他们认为没有什么能超越人类，虽然罗德里格斯神父内心承认这种现状，但他无法接受这样的事实，发疯似得反驳费雷拉神父，两人发生激烈的争吵。

           

就在那天晚上，五名基督徒被施以「穴吊」，这是一种残酷的死刑，受刑者四肢被捆绑，倒吊在坑里，耳朵后切个口子，让血液慢慢流下来，在这种死刑中，肉体的痛苦被尽量放大并延长，受刑者往往要挣扎好几天才会死去，奉行官通过这种方式，告诉罗德里格斯神父，这些人将因为他的信仰而死，只要他愿意踩踏圣像，就可以拯救这些人的性命，我们都知道，自己为了信仰而死，光荣且容易，可是背负上他人的性命，却是一生都难以解脱和救赎的，就在他面对这种两难的选择时，"踩踏吧，这没什么，我理解你的痛苦，我来到这世上，就是为分担人的痛苦，我背负这十字架，免除你们的痛苦，你命现与我同在，踩踏吧"，一直沉默的上帝终于对他说话了，耶稣基督的声音让    罗德里格斯神父下定决定踩上了耶稣基督受难像。

    

在那一刻，罗德里格斯神父改变了，促使他转变的，影片中主要有三个人，第一个是他的导师费雷拉神父，做为导师，对信仰的认识肯定比罗德里格斯神父成熟许多，他知道做为一名基督徒，尤其是一名神父来说舍己爱人比什么都重要，但是教会的律法规章在穷苦人面前其实一分不值，他说："不要管教会的审判了，彰显最伟大的爱德吧"是罗德里格斯神父踩踏圣像的决定性因素；第二个是弗兰西斯科神父，虽然在他看来，教会的法律不允许有一点点折扣，他确实是一名好牧人，为羊舍命；第三个是教徒吉次郎，这是一个内心非常矛盾的角色，他三次信教三次弃教，他背叛了家人、兄弟和神父，但是其实他很想做一个好教徒，可是当时的环境逼着他没办法那样做，每次背叛他都呼求罗德里格斯神父宽恕他的罪，一次次的愧疚、呼求、忏悔都深深的震痛罗德里格斯神父，让他想起了耶稣基督身边，不也有许多像吉次郎一样的朋友，在罗德里格斯神父踩踏圣像弃教后，也是吉次郎让他想起自己的身份——神父，并为吉次郎办了第三次真正的告解圣事。

    

影片通过罗德里格斯神父的转变，表达了信仰是不可能因为迫害而消灭的，虽然奉行官会定期对罗德里格斯神父等其他基督徒用踩踏圣像来检验他们是否真的弃教，但在胆小如鼠的吉次郎的身上还是能搜出了圣像，也让吉次郎实现了后来的梦想——为主殉道，死在日本的罗德里格斯神父，在佛教葬礼上手里还藏着妻子塞给他的十字架，费雷拉神父也常常教导罗德里格斯神父执行主的命令，这些都在日本人眼皮底下发生的。    

    

事实上，当明治维新日本重开国门，恢复宗教信仰自由后，重新踏上日本的传教士依然在天主教曾经传教的地区发现许许多多的基督徒，他们就是传教士撒在那片地区生根的种子，殉道者的血滋润教会的种子，我相信，殉道者的血不会白流，总有一天那些撒下的种子都会发芽扎根，长成参天大树！